Segons la Institució per a l'Estudi, Gestió i Recuperació dels Ecosistemes Lleidatans (Egrell), l'Estany d'Ivars i Vila-sana mostra símptomes d'esgotament i pèrdua de valor ecològic després de la ràpida recolonització d'espècies que hi va haver els primers anys d'aquest espai natural recuperat.
Els darrers anys quatre espècies reproductores han desaparegut de l'estany: el Cabussó Collnegre, el Fumarell Carablanca, la Gavina Riallera i la Gavina Capnegre
Els símptomes de deteriorament l'Estany d'Ivars i Vila-sana es poden veure en l'evolució de les espècies reproductores o les espècies més sensibles com la fotja, segons Egrell. En aquest sentit, asseguren que algunes de les més abundants o en progressió són ''poc'' aquàtiques i que depenen de medis com els abocadors, com el cas del gavià argentat i la cigonya.
Prop de l'estany hi ha l'abocador comarcal de Castellnou de Seana, punt de dependència de moltes de les aus
El president d'Egrell, Joan Estrada ha explicat que a causa de la crisi econòmica han disminuït els recursos per fer seguiments acurats de l'estat de l'estany. Ha posat com a exemple els que es feien des de la Universitat de Lleida sobre l'aigua, que ja no es fan, de manera que no hi ha informació sobre la qualitat i la presència de macròfits.
La introducció de la carpa els primers anys de la recuperació de l'estany ha provocat que hagin desaparegut bona part d'aquest macròfits i també que l'aigua s'hagi enterbolit
La carpa se suposa que hauria provocat que algunes espècies que s'alimenten d'aquesta vegetació hagin marxat, com el fumarell i els cabussons negres o la rarificació de la fotja. Tampoc hi ha un control sobre la mida que fan els peixos i si són òptims per al consum de determinades aus. D'altra banda, Estrada ha lamentat que no s'estigui fent cap seguiment sobre la presència de la Llúdriga a l'estany després de ser detectada fa uns anys.
Segons Egrell, la desaparició d'espècies reproductores a l'estany d'Ivars i Vila-sana s'ha anat esdevenint des de l'any 2014. Malgrat tot continua sent una de les principals zones humides de Catalunya i ella sola acull el 30% de la població d'ànecs, cabussons i fotges de la plana de Lleida a l'hivern.
Des que el 2005 va tornar a començar a entrar aigua a la cubeta de l'estany s'han detectat 256 espècies d'ocells diferents, de les quals 117 estan lligades als medis aquàtics, 31 d'elles amb reproducció probable o segura
El 2017 s'han detectat 5 espècies noves a l'estany, 2 d'elles aquàtiques, una parcialment depenent de canyissar i dos forestals. De les 5 només una de les característiques dels medis forestals és possiblement reproductora. Així mateix, l'any passat hi ha indicis que van criar a l'estany 15 espècies aquàtiques. Egrell però, remarca que aquesta no és una bona xifra per l'empobriment d'espècies aquàtiques detectat en els darrers tres anys.
